臭氧在食品工业中的应用主要包括几个方面：一是对生产车间的空气、设备、器具表面和工作服进行杀菌消毒；二是生产加工用水的消毒净化和高浓度臭氧消毒剂的制备；三是冷藏消毒和食品保鲜。以下就是具体臭氧发生器应用在食品加工各个方面消毒：
（1）、生产车间空气杀菌消毒
车间中的微生物污染是影响产品质量的重要因素。臭氧不仅可以有效地杀死它们，而且可以有效去除车间内的异味。我公司在全聚德，红牛，空港总公司和独资企业的应用实例证明，臭氧消毒的使用可以使生产车间的空气，地板，手术台，餐具等物体的表面细菌指数升高。达到标准，一些肉类和家禽屠宰车间的异味也大大减少了。
（2）、更衣室和工作服消毒
生产车间，大多数细菌可以通过加工人员的工作服送到生产车间，严重会导致大面积传播，应引起足够的重视。大多数食品加工企业使用紫外线消毒，由于紫外线照射的自然缺陷，消毒效果较差，而臭氧气体可渗透的衣服遍布各个地方，因此工作服利用臭氧消毒是有效而简单的方法。
（3）、生产用水的杀菌净化
臭氧在水中对细菌，病毒，微生物等的杀灭率更高，更快，对水中的有机物和其他污染物完全清除，并且不会产生二次污染。这对食品加工中使用的水具有特殊意义。通常使用氯制剂对生产用水进行消毒，并且由于有机化学产品对水的污染日益严重，氯消毒制剂经过处理后会产生氯仿，二氯乙烷，四氯化碳等氯化有机化合物，这些物质具有致癌性，并且欧盟国家/地区禁止使用含氯系列有效消毒剂，日本也将逐步禁止使用。但是，臭氧消毒处理不会产生二次污染的化合物，臭氧对细菌的杀灭率比氯气制备高，其杀灭速度约为氯气制备的300-600倍。特别是在预冷消毒中，克服了次氯酸钠消毒后余氯残留的缺点，可以高效，经济，简便地杀死细菌。目前一些使用巴氏消毒法，但追求美丽的食品企业，正在尝试用臭氧消毒法代替巴氏消毒法。
（4）、制备高浓度的臭氧水做为新型消毒剂
将高浓度的臭氧溶解在水中。产生的臭氧水具有很强的广谱杀菌作用，并且对各种农药，有机毒物和重金属离子也具有很强的降解作用。高浓度的臭氧水在完成杀菌和其他有害物质的降解后，会将臭氧转化为氧气，在水中不会留下残留物，没有二次污染和任何副作用。
（5）、食品冷库和保鲜冷库消毒
冷库中的生物污染主要是霉菌，它们对化学消毒剂有很强的耐受力，并在低温条件下可以生存。实验证明：使用浓度为6-12ppm的臭氧进行3-4小时连续消毒，包括强大的抗孢子杀灭能力。停运后的仓库封闭密封超过24小时，细菌的杀灭率约为90％，霉菌的杀灭率可达到80％左右。
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